2020年初，全球新冠疫情爆发，为服务政府决策和疫情防控，研究所发布了“新冠肺炎疫情防控专项课题”研究项目，设专项资金，支持学院全体教学科研人员的研究工作。共17个项目获得立项，内容涵盖应急管理、治理智能化、基层治理、城市治理、制度建设等与疫情防控相关的诸多领域。目前已产出39篇智库报告、15篇学术论文。其中马啸的智库报告被《环球时报》采纳，苗庆红的两篇智库报告分别被《财经网》和《光明网》采纳；已发表的学术论文均刊载在CSSCI和国际期刊。
疫情专项研究团队名单如下（按姓氏首字母顺序排列）：
白智立、淦宇杰、黄恒学、刘伦、刘颜俊、马啸、苗庆红、孙明、万鹏飞、王镝、萧鸣政、燕继荣、杨立华、曾渝、张波、周强
